Die älteste Beschreibung der Emishi befindet sich in dem Nihonshoki, dem ältesten Geschichtsbuch Japans. Dem Buch nach sind die Emishi Einwohner in dem Osten, die mit der Yamato-Regierung (Yamato ChÅ?tei oder Yamato ÅŒken) verfeindet waren. Ihre Einflusssphäre reichte bis an Osthonshu. Es ist aber noch nicht bewiesen, ob diese Beschreibung historischen Tatsachen entspricht.

Etwa in dem 7. Jahrhundert siedelten die Emishi in dem Tohoku-Gebiet nördlich der Mitte der heutigen Miyagi- bis hin zur Yamagata-Präfektur und in Hokkaido. Je mehr die Yamato-Regierung ihre Macht nach Norden hin ausweitete, desto öfter kämpften die Emishi um ihren Lebensraum. Die Emishis, die vor Yamato-Regierung kapitulierten, wurden Fushū genannt. Trotz der teilweisen Kapitulation kämpften Emishi weiter gegen die Yamato. Gewöhnlich trieben sie Handel mit Japan. Handelswaren waren Riementang , Pferde, Pelze, Federn usw. In dem Gegenzug erhielten sie Reis, Tuch, Eisen usw.

Im 9. Jahrhundert endeten die Eroberungen des Yamatoregimes in der Mitte der heutigen Akita - und Iwate-Präfekturen. Beamte der Yamato-Regierung und Stammeshäupter der Fushū mischten sich jedoch in innere Auseindersetzungen der Emishi ein. In Folge dessen verloren die Emishi ihre Unabhängigkeit in dem Laufe des 12. Jahrhunderts.

Nach der Edo-Zeit gehen die wissenschaftlichen Theorien über die Emishi auseinander.

1. Es gibt die Emishi-Ainu-Theorie (Emishi ainu setsu) derzufolge die "Emishi" ab dieser Zeit gleichbedeutend mit den Ainu sind.
2. Und es gibt die Theorie, derzufolge Emishi in entlegenen Gegenden wohnende Japaner genannt (Emishi henmin setsu). Diese Theorie sieht die Emishi als Japaner an, die sich nicht der Yamato-Regierung unterwarfen.

Die erste Theorie ist zwar einflussreich, aber sie ist wissenschaftlich nicht unumstritten.

Seit dem Mittelalter bedeutet Ezo das gleiche wie Ainu. Geschichtsbücher bestätigen die Existenz von Ezo, den heutigen Ainu, seit dem 13. Jahrhundert. Seit dieser Zeit wird Hokkaido entweder Ezogashima oder Ezochi genannt. In Europa wurden die Ezo "Yezo" genannt.

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